潔凈手術部作為一項專業性強、要求高的系統項目，其項目設計開始之前就要和醫院交流項目立項規模，凈化科室規劃，并要提出專業性的建設性建議，確立一級、二級流程的規劃；將醫院的意圖轉化為設計藍圖。

潔凈手術部按科室可劃分為凈化科室和潔凈科室，其中：

凈化科室包含：靜脈配液中心、生殖中心、層流病房、層流手術室、檢驗科微生物實驗區、剖宮產房、介入手術室、復合手術室、供應室的無菌物品存放區等；

按專業可劃分為完整科室區域、部分科室區域、工程專業三個類型，其中：

完整科室區域又劃分為辦公區域、潔凈區域、凈化區域、污物區域；

部分科室區域又劃分為潔凈區域、凈化區域、污染區域；

工程專業又劃分為裝飾、暖通、強弱電、給排水、醫用氣體。

潔凈手術部的施工交叉面特別多，往往牽扯土建地面找平、磚砌體隔斷、消防工程，同時系統驗收除了與國家建筑行業驗收規范相關外，也與裝飾材料、凈化通風行業的相關標準息息相關，若拆分專業，其管理職責難以區分，因此專業不可分割，另每個醫院都有其特殊性，醫院潔凈手術部的科學、合理建設同醫院相關科室的參與和決策密切相關，這就需要設計單位在系統規劃之初時就要同醫院相關負責人進行緊密、充分的溝通，以使建成后的潔凈手術部符合醫院當下和未來發展使用。